Biología de Sistemas

Shewanella oneidensis MR-1 es una bacteria gram-negativa anaerobia facultativa con una amplia capacidad respiratoria que le permite reducir desde oxígeno hasta óxidos metálicos como el de Fe(III) y Mn(IV). Se ha observado que en condiciones anóxicas Shewanella oneidensis MR-1 produce extensiones de su membrana llamadas nanocables bacterianos, capaces de conducir electricidad gracias a la presencia de los citocromos MtrC y OmcA, proteínas responsables del transporte de electrones en la membrana. Sin embargo, aún no se conoce con certeza cómo funcionan los nanocables bacterianos ni cómo sucede el transporte de electrones a lo largo de los mismos. El objetivo de mi proyecto será modificar el circuito genético de esta bacteria para que bajo un estímulo externo se controle la expresión del gen que produce los citocromos MtrC y OmcA, con el fin de estudiar la conductividad del nanocable en función de la densidad de citocromos en el mismo y lograr proponer un modelo que explique el comportamiento observado.

Juliana Sandoval

MACS (Microfluidics-assisted cell screening) es una plataforma microfluídica recientemente desarrollada que permite tomar medidas de algunas propiedades de las células de E. coli. En este trabajo queremos medir algunas propiedades de las células de E. coli a lo largo de la curva de crecimiento utilizando MACS. Estas células han sido evolucionadas con un medio mínimo con diferentes concentraciones de fuentes de carbono y nitrógeno y se han tomado muestras en diferentes etapas del proceso de evolución. Mediré los niveles de expresión y los tamaños de todas estas muestras con MACS y compararé las distribuciones de las diferentes variables tanto entre las diferentes etapas del proceso de evolución, como entre las diferentes condiciones de crecimiento.

La persistencia es un fenotipo transiente en el que se presenta tolerancia a múltiples sustancias bactericidas, diferente a la resistencia obtenida por mutaciones. En un estudio realizado por Balaban y colaboradores en 2004, se han identificado dos tipos de de persistentes, Tipo I y Tipo II. Tradicionalmente se emplean antibióticos para aislar persistentes, sin embargo, el uso de antibióticos para aislar persistentes no diferencia entre los 2 tipos de persistentes e induce persistencia. En el proyecto, trabajamos en el diseño de un protocolo que permita aislar y diferenciar los tipos células persistentes, a demás de asegurarnos de no estar induciendo persistencia.

Silvia Cañas

La expresión genética es un proceso ruidoso por naturaleza. El estudio del origen de estas variaciones es fundamental para entender el funcionamiento de la célula. Tanto el tamaño de la célula como la velocidad a la que crece son factores importantes en el ruido. En este proyecto nos interesa incluir el tamaño y la tasa de crecimiento de manera que se pueda encontrar una correlación entre estos factores y el ruido. Realizaremos simulaciones utilizando el algoritmo de Gillespie para obtener parámetros experimentales que nos permitan comprobar los resultados de las simulaciones.

David Camilo Durán Chaparro