El SPIM es un tipo de microscopía de iluminación por planos (Single Plane Illumination Microscopy), caracterizado por su haz de luz ultrafino que ilumina la muestra de manera perpendicular al objetivo de observación, permitiendo generar imágenes de distintas secciones de la muestra, las cuales se integran para generar una imagen tridimensional. Esta técnica emergente, además de ser más económica que la microscopía confocal, permite una adquisición rápida de imágenes y minimiza el daño de la muestra por fotooxidación. Este es uno de los pocos microscopios fabricados en laboratorio de tipo MIP en Latinoamérica y con soporte técnico internacional.

El TIRF, o microscopia de campo evanescente, es una forma de microscopia fluorescente donde la luz de excitación está confinada a una pequeña área de la interfase de la laminilla y la muestra. El TIRF permite obtener imágenes de moléculas sencillas de escala nanométrica. Un pre-requisito para la microscopia TIRF es que debe existir un montaje de adhesión de la muestra a una superficie de vidrio. El TIRF se puede usar para obtener imágenes de pequeñas estructuras o moléculas individuales. El equipo se ha usado para observar vesículas hechas con lípidos sintéticos y monitorear las fluctuaciones del lípido en la membrana, crecimiento celular bajo un estrés de antibiótico suministrado o biopelículas de bacterias patógenas, entre otros proyectos de investigación científica que lidera el laboratorio.